Многие системные файлы и папки скрыты системой по умолчанию, как их отображать я писал в статье Как в Windows 7 найти AppData. В этой же статье я опишу возможность скрытия файлов и папок. Делается это в пару кликов мышью. Единственное этот метод не защитит файл или папку, если другой пользователь в панели управления откроет все скрытые файлы. 

И так нажмите на файл или папку правой мышью, появится контекстное меню, в самом низу выберите Свойства

Появится окно Свойства, во вкладке Общие в разделе Атрибуты напротив Скрытый, установите галочку (check box) и нажмите Применить.

Если Вы скрываете папку, то потребуется подтверждение изменения атрибутов. Нужно выбрать: К данной папке и ко всем вложенным папкам и файлам и нажать кнопку ОК.

После этих не сложных действий, файл или папка будут скрыты. Если же это не произошло, то необходимо в Панели управления отключить показ скрытых файлов и папок, в самом начале статьи есть ссылка как это можно сделать. 

Ну а если же Вам нужно конкретно спрятать файлы или папки, то придется устанавливать стороннее программное обеспечение, к примеру Hide Folders.